Le recenti dichiarazioni di Claudio Grassi, leader della corrente Essere Comunisti interna a Rifondazione Comunista, dopo la recente rielezione a segretario di Paolo Ferrero, hanno allontanato il rischio di una nuova scissione all'interno del partito.
Il PRC ha però visto dalla sua nascita ad oggi molte scissioni. La prima avvenne nel gennaio 1994, dopo la conclusione del secondo congresso del partito, ad opera di Norberto Natali che si staccò da Rifondazione Comunista per dare vita a Iniziativa Comunista. La seconda scissione diede vita invece ad un movimento molto più ampio rispetto a Iniziativa Comunista: la scissione questa volta fu da parte di un'area a destra del partito e diede vita al Movimento dei Comunisti Unitari, che confluì nel giro di pochi anni nei Democratici di Sinistra.
Leader del movimento furono gli allora deputati Lucio Magri e Famiano Crucianelli.
Nel maggio 1996 la deputata Mara Malavenda non votò la fiducia al primo governo Prodi, ne seguì l'espulsione da parte del partito e la nascita da parte dell'onorevole del movimento Cobas per l'autorganizzazione. Nel dicembre del 1997 prende vita un altro movimento contrario all'appoggio del governo Prodi, la Confederazione Comunisti Autorganizzati, guidato dai deputati Giovanni Bacciardi e Leonardo Mazzei. Nell'aprile del 1998 esponenti di diversi partiti di sinistra, fra cui Rifondazione, seguono Luca Casarini nel Movimento delle Tute Bianche.
Il 9 ottobre 1998 Rifondazione Comunista si divide sull'appoggio al governo Prodi I.
Il governo fu sfiduciato per un voto, gli esponenti favorevoli fondano il Partito dei Comunisti Italiani e danno continuità all'alleanza con le altre forze di centrosinistra, insieme daranno vita a due governi D'Alema e al secondo governo Amato. Primo segretario del partito fu Armando Cossutta, il suo successore fu Oliviero Diliberto che restò in carica per tredici anni prima di lasciare il posto a Cesare Procaccini lo scorso luglio.
Nel gennaio del 2000 Michele Capuano esce dal partito e dà vita a Democrazia Popolare che dopo pochi anni confluisce nel PdCI.
L'aprile del 2006 vede la nascita del Partito di Alternativa Comunista, capeggiato da Francesco Ricci, a seguito della candidatura dell'esponente critico Marco Ferrando, ma due mesi dopo è proprio Ferrando a uscire dal PRC e a dar vita al Partito Comunista dei Lavoratori.
Nel novembre 2006 diversi esponenti del PRC campano lasciano il partito e danno vita all'associazione Unità Comunista. Nel dicembre 2007 Franco Turigliatto, già allontanato dal partito nel gennaio dello stesso anno, ed altri esponenti della stessa corrente del partito fondano Sinistra Critica, partito a sinistra di Rifondazione.
Nel gennaio del 2009 vi è la più grande scissione interna al partito, l'ala a destra del partito, capeggiata da Nichi Vendola, esce dal PRC e fonda il Movimento per la Sinistra, che diventerà da lì a poco Sinistra Ecologia e Libertà.
Nel febbraio 2011 una grossa fetta della corrente L'Ernesto abbandona Rifondazione Comunista e confluisce nel PdCI. L'ottobre 2013 vede invece la scissione della corrente ControCorrente che dà vita all'associazione ControCorrente per una Sinistra dei Lavoratori.
Seppur l'unità della sinistra è da sempre argomento di discussione delle varie forze della sinistra italiana, questa sembra essere pura utopia.
